月度归档： 2011年11月

mpi在linux下可以通过ssh相互连接。而在windows下则只能通过用户名密码登陆来达到连接的目的。
以下是配置步骤：
1.安装MPICH2，如果要输入密钥则自己写一个（例如：behappy）
2.编写MPI程序，生成exe。注意生成的程序要复制到需要mpi的其它机器的相同路径下。
3.设置mpi的用户名密码，注意，不需要写domainuser，只需要写user就行了。要求多台机器都有这个用户名和相同的密码。在每一台机器上可以运行以下命令注册：
mpiexec -register
user
password
password
4.运行mpiexec -hosts 2 xxx.xxx.xxx.xxx xxx.xxx.xxx.xxy aaa.exe
5.如果发现说cannnot connect to xxx.xxx.xxx.xxx，那么可能是以下原因：
1）用户名密码不匹配，登陆不了
2）对应的密钥不同（也有可能安装的时候并没有设置口令，例如server 08上MPICH2并不会跳出口令设置这一步），这时候运行regedit，找到HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREMPICHSMPD，看看里面有没有一项是phrase，如果没有的话就加一项phrase，字符串类型，内容是之前（1.）写的密钥（例如behappy）。然后重启smpd服务（smpd -restart）

MPI并行计算框架因为是基于C的，所以对于已有的C++代码只需要小改动就能实现并行化。
但是，使用MPI的时候，如果要访问通过网络磁盘映射的方式得到的路径，要怎么访问呢？

错误的方式：
在windows下利用磁盘映射，将\server_ipfolder映射到Z:
MPI程序中读取Z:xxx
这种方式对于普通的程序有效，但是MPI无法得知系统的映射对象（MPI只会读取本地磁盘盘符）参见：http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/mpich-discuss/2007-September/002759.html
于是如果在MPI程序中写了读Z:xxx文件，会读取失败。

正确的方式：
FILE *fi=fopen("\\server_ip\folder\xxx","r");

直接通过这种网络位置的方式来读取。

这个小bug居然搞了我两个小时。。路漫漫其修远兮啊~

今日行程：学校-上地-北大昌平校区-学校
今日完成的事：起床-调了两个bug-坐了三个小时公交-拼凑了一台nb闪闪的服务器-服务器搬回学校-装系统-赶点洗澡-二b青年欢乐多-现在
起床：7点不到就醒了……难道生物钟知道我要去昌平可以提醒我么……（昌平校车7:00从p大东门发车）
调bug：一个小时fix了两个bug，效率算很高的了
3小时公交：699-345-345快-昌53-昌53，因为昌平西关环岛修路，所以昌53路分两段运行。。下车步行一站接着坐。。用时3小时orz
拼凑服务器：昌平那边实验室堆着老旧的服务器们，但是老家伙们也是可以焕发新的活力的。比如说我从5台服务器中拼拼凑凑，最终的配置是：两个4核CPU、2G*6的内存，300G的硬盘。5台机器的配置是：CPU是双核*2或者四核*1的；内存是1G*4或者2G*2的；硬盘是146GB的。最终的结果就是找服务器们的最优子集，然后拼装就行了。颇有成就感啊~而且这服务器以后就归我使用了~
搬服务器：昌平校车4:25从昌平校区发车，而我早早就去等车了。。服务器也就10kg不到，但是我居然搬着很累，身体素质不行了啊……（虽然体重已经直奔85kg了……）
装系统：开始装了ubuntu server，可是。。命令行界面如何连网关啊。。不会啊。。sudo apt-get 不能用啊。。于是就歇菜了。。尝试了两个小时未果，于是果断ubuntu destop走起，半个小时就搞定了。所以菜鸟还是乖乖用destop吧。
赶点洗澡：大澡堂10:15停止进入，10:30停水。我10:00从实验室出发，一路狂骑，10:10到宿舍，然后奔上楼拿东西下楼冲到澡堂。洗完澡都还没缓过来。。
二b青年欢乐多：小浩浩学弟生日，给我们宿舍送了蛋糕吃。小浩浩切成了三块，结果只有我和他两个人在寝室。一人一块下肚后，就商量着剩下一块怎么办了。给王胖和汤圆中早回来的那个？给撸老师？最后一致的结论是我们两个分了第三块。然后，就找刀来切蛋糕了。诶？刀呢？诶？我前面居然没用小叉子而是直接拿刀来吃的蛋糕！好吧，难得2一回啊~
现在：吃饱喝足（阿牛烧仙草），正面对着屏幕看着动画。在这样忙碌的一天的末尾，用这样的方式来结束，再合适不过了~（虽然每天晚上其实基本都是吃饱喝足看动画的吧=。=）

附图一张，p大昌平校区校门

首先修改hosts，例如：
192.168.1.21 computer1
192.168.1.22 computer2
之类的，在/etc/hosts文件内

然后安装mpi：
sudo apt-get install libc6 mpich2
在/home/user目录下新建一个叫.mpd.conf的文件，里面写上MPD_SECRETWORD=xxx

然后是安装ssh
参考：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=43242&do=blog&id=275185
最终目的是computer1能够ssh直接连接其它的机器而不用输入密码。

对每一台需要用到的机器都要执行上面三步

在computer1的/home/user下建立.mpd.host文件，里面写上：
computer1
computer2
之类的，相当于将任务分配给各个机器的顺序

最后是启动mpi集群：
mpdboot -n 2 -f /home/user.mpd.host
这时查看mpdtrace，会看到2个机器名。
然后编译运行你的程序：
编译的命令是：mpicc xxx.c -o xxx.o 可能需要-lstdc++
执行的命令是：mpiexec -machinefile /home/user.mpd.host -n 2 xxx.o

注意：上面启动mpdboot的时候一定要在computer1上面启动computer2的mpd，否则相当于computer2自己当主机了，也就是computer1没法连接到computer2，最终会产生:
unable to start all procs; may have invalid machine names
> remaining specified hosts:
这样的错误。而网上铺天盖地都是说这时候应该在computer2上mpd到computer1，试了一下发现木有效果。。。